Auch die überaus durchdachte Bauweise der Kirche ist zu sehen. So kann zum Beispiel der aufmerksame Beobachter entdecken, daß die Fensterbretter so gebaut wurden, daß möglichst viel Sonnenlicht in den Chorraum einfallen und ihn erhellen konnte. Heute zeigen die angesprochenen Fensterbretter durch die Nutzung als Abschlußmauer nach außen. 

Bei den Baumaßnahmen an der Schule kam es zu zahlreichen Entdeckungen. So wurde eine archäologische Begleitung notwendig, um die ausgegrabenen Reste und andere Funde nicht zu zerstören.
Der älteste Teil, der entdeckt wurde, ist ein Natursteinfundament eines Kirchenpfeilers. Es wurden aber auch noch andere Kloster- und Gewölbemauern, sowie Gräber mit Knochenresten gefunden. 

Man stellte fest, daß der naturwissenschaftliche Teil des Schulgebäudes genau auf den Mauern des Großen Schlafhauses errichtet worden ist. Die Fundamente des Kreuzganges wurden scheinbar nicht weiter bebaut. Im Fundamentbereich der östlichen Mauer des schon zuvor angesprochenen naturwissenschaftliche Traktes legte man einen Gewölbeabschnitt frei. Wir haben das von außen sichtbare Gewölbe dem einstigen Auditorium des "Grauen Klosters" zugeordnet. Er muß in einer der älteren Bauphasen entstanden sein.
Der Gewölbeabschnitt besteht aus einer tiefergehenden Backsteinmauer mit zwei rundbogigen Fensteröffnungen. Die südliche Öffnung ist noch komplett erhalten. Die zugemauerte Nordtür des heute noch existierenden Gewölbekellers läßt das Vorhandensein eines weiteren Gewölbes vermuten. Bis jetzt konnte aber noch kein Durchgang gefunden werden. 

Südlich des Hauptgebäudes der Schule hat man ein kleines Rollsteinfundament aufgedeckt, das sich in einer Tiefe von 2,50 m befindet. Es kann nicht den Baubefunden des Franziskanerklosters zugeordnet werden. In der Lehmauffüllung waren unter anderem auch Tier- und Menschenknochen, sowie Keramikscherben enthalten. Bei den meisten Mauerresten wird vermutet, dass es sich um die des Franziskanerklosters handelt. Weiterhin nimmt man an, dass das Fundament des Schulhauses mit den alten Kirchensteinen gebaut wurde. 

Auf dem heutigen Hinterhof der Schule wurden Klostermauern freigelegt.Man deckte auch den Fäkalienschacht auf, der zur Zeit der Franziskaner von den anliegenden Bewohnern genutzt wurde. Den Archäologen gelang es jedoch nicht, die Innenschrift auf der darüberliegenden Steinplatte zu entziffern. Die Herkunft des Steines ist ebenfalls unbekannt. 

Durch die archäologischen Begleitmaßnahmen kam es zu zahlreichen Entdeckungen von Gräbern. Sie befinden sich auf dem Gebiet von Kirche und Chor, auf dem einstigen Kreuzhof, sowie in und neben den Kreuzgängen, weiterhin bei dem damaligen Haupteingang des Klosters und in dem ehemaligen Kleinen Schlafhaus.
Die Gräber liegen alle parallel in nordwestlicher Richtung, wobei sich der Kopf der Bestatteten im Westen befindet mit Blick nach Osten.

Die Knochenfunde stammen aus dem 13. und 14. Jahrhundert, reichen aber auch bis in das 18. Jahrhundert hinein. Die ältesten Skelette, die entdeckt wurden, lagen auf dem Gebiet der Kreuzgänge. Die Archäologen legten auch Gräber frei, in denen Mönche und Bürger übereinander begraben wurden. Das Ineinanderliegen der Knochen ist durch die Bestattung der Verstorbenen zu unterschiedlichen Zeiten und späterem Zusammensacken der Erdschichten zu erklären . 

Im Klubkeller, einem für Schüler der Schule hergerichteten Kellerraum, hat man auch vier zueinander parallel liegende Skelette gefunden. Auf dem Gebiet des Chores legte man einen besonders interessanten Schädel frei. Er stammt aus dem 14. Jahrhundert und ist mit Kopfschmuck besetzt.

Im noch nicht freigelegten Teil des Chores werden die Gräber der Fürstin Anastasia und sechs weiterer Fürsten vermutet. Auch die Bürger der Hansestadt Wismar konnten sich ein Grab auf dem Klostergelände kaufen. Der Ort der Bestattung richtete sich nach der Höhe des Zinses, der an die Mönche gezahlt wurde. Das Grab befand sich dann entweder in dem Chorraum, den Seitenschiffen der Kirche, im Kreuzgang oder auf dem einfachen Friedhof. 

Vor dem Hauptgebäude der Schule hat man ebenfalls viele Knochen gefunden, die dort während früherer Ausgrabungen gelagert worden sind, zum Beispiel während der Einebnung des Schulhofes.